Krytyka System spotkał się z krytyką m.in.: ze względu na konieczność rejestrowania każdego wejścia do pojazdu przez posiadaczy biletów okresowych (bez którego pasażer traktowany był jak gapowicz), awarie czytników i strony internetowej, błędne kodowania i znikające z karty bilety lub pieniądze, skomplikowaną obsługę samej karty i czytników (m.in. brak automatycznego wyboru najkorzystniejszej taryfy). Krytykowano również fakt, że terminale w takich miejscach jak biblioteki czy baseny nie są praktycznie wykorzystywane.
W związku z koniecznością rejestracji wejścia do pojazdu do Urzędu Ochrony Konkurencji i Konsumentów wpłynęło kilka skarg na KZK GOP, po których UOKiK wezwał związek do zniesienia tego obowiązku. 16 listopada 2017, po zakończeniu postępowania wyjaśniającego w tej sprawie, UOKiK wysłał KZK GOP zawiadomienie o wszczęciu postępowania w sprawie naruszenia zbiorowych interesów konsumentów. Ostatecznie, w styczniu 2018 KZK GOP zniósł obowiązek odbijania karty przy wejściu do pojazdu przez posiadaczy biletów okresowych bez limitu przejazdów.