W dniu 23 września 1811 roku na skutek pożaru, kościół uległ częściowemu zniszczeniu. Spalił się gontowy dach na kościele, chór z organami, schody wejściowe „prowadzące” na chór oraz drewniana dzwonnica. Po tym zdarzeniu ówczesny dziedzic Markuszowa hr. W. Tarnowski – „(…) pozostałe szczątki murów starannie poprawił, cały gmach pokrył i tym sposobem przyprowadził kościół do pierwotnej dobroci, a następnie i porządku (…)”.
W 1830 roku położono nowy dach na kościele - kryty gontem, dwie wieże kryte były blachą. W 1855 roku proboszcz informował, że zły stan kościoła ulega ciągle stopniowemu pogorszeniu. Pisał, że „kopuły na kościele ledwo wiszą, lada dzień grożą zawaleniem”. W 1862 wykonano wówczas nowe pokrycie dachowe z dachówki ceramicznej oraz zrzucono barokowe kopuły na wieżach, a na ich miejsce nie zrealizowano nowych. W latach 1866–1867 podjęto kolejny remont i wówczas blacharz z Lublina zobowiązał się „pokryć blachą angielską obydwie wieże w kościele”.
Gruntownie kościół został wyremontowany w 1884 roku. W 1919 roku została dobudowana od strony południowej świątyni druga większa zakrystia. W 1972 roku została wymieniona drewniana konstrukcja dwóch wież, dach został pokryty nową blachą, a także została odnowiona elewacja zewnętrzna.