Po egzekucji Po śmierci księcia, janczarowie i anatolijscy żołnierze oprotestowali decyzję Sulejmana. Wojsko Mustafy miało egzekucję za niesprawiedliwą, ponieważ uważali, że jej powodem były polityczne machinacje Roksolany i Rüstema Paszy. Janczarzy popierali Mustafę ze względu na osmańskie tradycje związane z sukcesją tronu, a także jego sukcesy jako dowódcy wojskowego. Po protestach armii Sulejman pozbawił Rüstema stanowiska wielkiego wezyra i odesłał go do Stambułu.
Sulejman nakazał pochowanie Mustafy z państwowymi honorami w Stambule. Po tygodniowym wystawieniu zwłok w świątyni Hagia Sophia, Mustafa został pochowany w wielkim mauzoleum w Bursie.
Egzekucja Mustafy wywołała niepokoje w Anatolii, a szczególnie w Amasyi, ponieważ widziano w nim następcę sułtana. Ludzie byli wściekli na Rüstema i innych, którzy byli oskarżani o udział w spisku mającym na celu pozbawienie życia Mustafy. W niektórych regionach Anatolii mówiono o nim jako o „sułtanie Mustafie”, tak jakby rzeczywiście odziedziczył tron. Jego życie i los stały się częścią tureckiej literatury w Anatolii. Poeta Taşlıcalı Yahya Bey stworzył elegię dla zmarłego księcia.