W październiku 1936 otrzymał prawo veniam legendi z zakresu teologii fundamentalnej na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie. Od 1938 na uczelni kierował Katedrą Teologii Dogmatycznej. Był kuratorem Koleżeńskiej Pomocy Studentów Teologii UJK. 6 grudnia 1938 uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego dogmatyki na WT UJK. Od 1939 był rektorem Metropolitalnego Seminarium Duchownego obrządku łacińskiego we Lwowie.
Po wybuchu II wojny światowej, agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 oraz nastaniu okupacji sowieckiej Wydział Teologiczny działał jeszcze przez miesiąc w październiku 1939, a ks. Frankl wykładał dogmatykę i pozostawał rektorem seminarium. Później był rektorem seminarium i profesorem Wydziału Teologii, działających w charakterze tajnego nauczania. Działał we współpracy ze strukturami Stronnictwa Narodowego, Narodowej Organizacji Wojskowej, Związku Walki Zbrojnej