Manchester City W dniu 3 sierpnia 2016 roku ogłoszono, że Jesus podpisał kontrakt z klubem Premier League – Manchesterem City, a umowa obowiązywać będzie od stycznia 2017 roku. Jego początkowy kontrakt obowiązywać będzie do 2021 roku. Klub zapłacił kwotę w wysokości 33 mln euro, doliczając do tego podatki. Debiut w Premier League miał miejsce 21 stycznia, kiedy wszedł z ławki rezerwowych, zastępując w 82. minucie spotkania Raheema Sterlinga w zremisowanym 2-2 meczu z Tottenhamem Hotspur na Etihad Stadium. Tydzień później Jezus po raz pierwszy pojawił się w podstawowym składzie Manchesteru City, asystując przy golu Raheema Sterlinga w wygranym 3-0 meczu FA Cup z Crystal Palace. 1 lutego rozegrał pierwszy mecz w rozgrywkach ligowych w podstawowym składzie i asystował przy bramce Kevina De Bruyne w 17. minucie, a potem zdobył swoją pierwszą bramkę dla klubu. Dzięki temu stał się pierwszym graczem Manchesteru City, który zdobył bramkę i zaliczył asystę w debiucie w Premier League. Jesus zakończył sezon 2016/2017 z siedmioma golami i czterema asystami w jedenastu meczach.