W dniu 18 sierpnia został nominowany na adiunkta w kierowanym przez prof. Franciszka Staffa Zakładzie Rybactwa Katedry Ichtiologii i Rybactwa Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego, pracę miał rozpocząć 1 września. 24 sierpnia 1939 został zmobilizowany do 41 Suwalskiego Pułku Piechoty, z którym w randze podporucznika wyruszył, aby bronić Warszawy. Po kapitulacji stolicy dostał się do niewoli i został uwięziony początkowo w oflagu XII A, a następnie w XI B. Mimo ciężkich warunków uczył się języka angielskiego i niemieckiego, w miarę możliwości pogłębiał wiedzę przyrodniczą. Prowadził wykłady biologii, jego słuchaczami byli przyrodnicy, weterynarze i rolnicy. Po zakończeniu wojny wyruszył do bliskich przebywających w Toruniu, dotarł tam 5 lutego 1945, dwa dni później zameldował się w komendzie MO jako zwolniony jeniec numer 1117 oflagu XI B. 15 lutego został zatrudniony w Pomorskiej Izbie Rolniczej na stanowisku inspektora rybactwa, pięć dni później urząd wojewódzki oddelegował go w teren, aby organizował gospodarkę rybną. Od 1 marca dr. Józef Borowik kierujący Instytutem Naukowym SGGW zatrudnił Kazimierza Passowicza powierzając mu kierowanie pracownią rybacką w Solcu Kujawskim. W maju 1945 udał się z asystą do pozostawionych przez okupanta placówkach hydrobiologicznych, aby zabezpieczyć pozostawione tam wyposażenie.