Do zadań armii należało: osłonić centralny okręg przemysłowy oraz skrzydło i tyły Armii „Kraków” przez zamknięcie na kierunkach wyprowadzających ze Słowacji na Rzeszów i Kraków przejść w Karpatach, rozpoznanie nieprzyjaciela i energiczne przeciwstawienie się mu począwszy od samej granicy; utrzymywać łączność z Armią „Kraków”, dozorować kierunki wyprowadzające z Węgier na Małopolskę Wschodnią, a w szczególności na zagłębie naftowe Borysław, organizując dozór na przejściach karpackich i opóźnianie rozporządzalnymi siłami. Szerokość odcinka Armii wynosiła 350 km, w tym odcinka słowackiego 150 km.
Działania w kampanii wrześniowej right|350px Armia „Karpaty”, wraz z Armią „Kraków”, według strategicznej koncepcji obrony miały stanowić oś odwrotu wszystkich sił zmierzających z północy i zachodu w kierunku południowo-wschodnim. Front południowy, którego trwałość miała gwarantować linia Karpat, już pierwszego dnia wojny został zaatakowany przez Niemców na równi z innymi frontami. Siły Armii „Karpaty” w momencie wybuchu wojny składały się, poza: 1 pp KOP „Karpaty”, 2 pp KOP „Karpaty”, 1 pułku Strzelców Podhalańskich i batalionu KOP „Żytyń”, wyłącznie z batalionów Obrony Narodowej.