W tym czasie Lindley zapoznał się z botanikiem Williamem Jacksonem Hookerem, który pozwolił mu korzystać z biblioteki botanicznej i przedstawił go sir Josephowi Banksowi. Banks zatrudnił go jako asystenta w swoim herbarium. Jego pierwszą publikacją, w 1819, było tłumaczenie dzieła Louisa Claude’a Richarda Analyse du fruit. W 1820 opublikował własne dzieło Monographia Rosarum, w którym zawarte były opisy nowych gatunków oraz rysunki wykonane przez niego. W 1821 opublikował dwa kolejne dzieła, Monographia Digitalium i Observations on Pomaceae, które wniosły wkład do Towarzystwa Linneuszowskiego.
Kariera mały|Cattleya labiata – jeden z gatunków opisanych przez Lindleya Lindley poszedł do pracy w domu Banksa w Londynie. Skoncentrował się na dwóch rodzajach róży i naparstnicy, po czym opublikował monografię A Botanical History of Roses, w której rozróżnił 76 gatunków, opisał 13 nowych oraz wykonał 19 kolorowych ilustracji. Lindley poznał Josepha Sabine'a, który uprawiał dużo róż i był sekretarzem w Royal Horticultural Society. Kilka miesięcy potem zmarł Banks i Lindley pozostał bez pracy. Później jeden z przyjaciół Banksa, bogaty kupiec William Cattley, zapłacił Lindleyowi za opisanie i zilustrowanie nowych roślin w jego ogrodzie w Barnet. Cattley sfinansował także opublikowanie Digitalia Monographia.