W 1828 Lindley został członkiem Royal Society, a w 1833 uhonorowano go tytułem doktora Uniwersytetu Ludwika i Maksymiliana w Monachium. Inne wyróżnienia otrzymał także z Francji, Stanów Zjednoczonych i Szwajcarii. W 1829, dążąc do zwiększenia swojego dochodu, Lindley został profesorem botaniki nowo utworzonego University of London. W tym samym czasie nadal pełnił swoje obowiązki w Królewskim Towarzystwie Ogrodniczym. Lindley, mimo że sam nie był na studiach, okazał się bardzo dobrym wykładowcą. Ponieważ nie był usatysfakcjonowany dostępną literaturą, sam pisał podręczniki do botaniki dla studentów.
Po śmierci Josepha Banksa i jego mecenasa króla Jerzego III, Kew Gardens zaczął podupadać. Rząd zlecił sporządzenie raportu na temat jego możliwej przyszłości Lindleyowi, Josephowi Paxtonowi i Johnowi Wilsonowi. W raporcie zarekomendowano, aby ogrody zostały zachowane, jednak rząd tego nie zaakceptował i zaproponował ich zlikwidowanie, rozdanie roślin i rozebranie szklarni. 11 lutego 1840 Lindley udał się do premiera i zaproponował, aby ta sprawa została rozstrzygnięta w parlamencie. Spowodowało to kłótnie, opinia publiczna była oburzona, rząd się ugiął i odwołał swoje plany, ogrody zostały zachowane.