Kiedy każdy z genoforów zawiera te same geny, nie ma problemu nierównomiernego ich rozdziału podczas podziału komórki między komórki potomne. Istotny problem pojawia się, gdy genofory różnią się zawartością. Każda komórka potomna musi bowiem zawierać komplet potrzebnych do życia genów, a nie przypadkową część materiału genetycznego rodzica. U eukariotów zapewnia to tubulina, budująca cytoszkielet. W efekcie każdy chromosom może ewoluować oddzielnie, tworzą się i pogłębiają różnice w ich zawartości. Teraz pewne genofory mogłyby zyskać własne otaczające je błony fosfolipidowe, co zapewniłoby im częściową fizjologiczną i genetyczną autonomię przy pozostaniu w obrębie macierzystej komórki.
Endosymbioza Teoria kompartmentacji właściwie nie ma obecnie zwolenników. Powstanie komórki eukariotycznej tłumaczy się raczej teorią endosymbiozy, wedle której mitochondria i chloroplasty powstały z oddzielnych organizmów (sinic i bakterii tlenowych, wchłoniętych przez komórkę, która zaprzęgła je do pracy. Teorie te wydają się od siebie istotnie różnić, jednak na