Markus Nilsen (ur. 27 kwietnia 1989) – norweski narciarz alpejski, srebrny medalista mistrzostw świata juniorów.
Kariera Po raz pierwszy na arenie międzynarodowej Markus Nilsen pojawił się 26 listopada 2004 roku w Geilo, gdzie w zawodach juniorskich zajął szóste miejsce w gigancie. W 2007 roku wystartował na mistrzostwach świata juniorów w Altenmarkt, gdzie jego najlepszym wynikiem było czwarte miejsce w gigancie. Walkę o podium przegrał tam z Mattsem Olssonem ze Szwecji o 0,23 sekundy. Jeszcze dwukrotnie startował na imprezach tego cyklu, największy sukces osiągając podczas mistrzostw świata juniorów w Formigal w 2008 roku, gdzie zdobył srebrny medal w gigancie. W zawodach tych rozdzielił na podium Austriaka Marcela Hirschera oraz Mattsa Olssona.
W Pucharze Świata zadebiutował 8 marca 2008 roku w Kranjskiej Gorze, gdzie nie zakwalifikował się do drugiego przejazdu giganta. Pierwsze pucharowe punkty zdobył 19 grudnia 2010 roku w Alta Badia, zajmując 29. pozycję w tej samej konkurencji. W klasyfikacji generalnej sezonu 2010/2011 zajął ostatecznie 164. miejsce.