miejscu.
W 2004 roku Marotta objął w Sampdorii dodatkowo stanowisko dyrektora zarządzającego i zatrudnił w klubie Fabio Paraticiego, który został szefem skautingu. Ich współpraca trwa do dziś, a Paratici jest określany jako „prawa ręka” Marotty.
Sezon 2004/2005 Sampdoria zakończyła na 6. miejscu, tracąc zaledwie jeden punkt do eliminacji Ligi Mistrzów. Udało jej się jednak zakwalifikować do Pucharu UEFA i była to pierwsza taka sytuacja w której klub zarządzany przez Marottę grał w europejskich pucharach. W sezonach 2005/2006 i 2006/2007 Sampdoria zajęła odpowiednio 12. i 9. miejsce w rozgrywkach ligowych. Rozczarowanie sezonem 2006/2007 doprowadziło do zwolnienia trenera Waltera Novellino. Na jego miejsce Marotta zatrudnił Waltera Mazzarriego. W letnim oknie transferowym 2007 roku, dyrektor generalny Sampdorii sprowadził na zasadzie wypożyczenia w prawem wykupu kontrowersyjnego włoskiego napastnika Antonio Cassano z Realu Madryt. Następny sezon Sampdoria zakończyła na 6. miejscu i po raz kolejny zakwalifikowała się do eliminacji Pucharu UEFA. Po wykupieniu Cassano z Realu Madryt, Marotta sprowadził za 8 milionów euro z Fiorentiny 24-letniego włoskiego napastnika Giampaolo Pazziniego. Sezon 2008/2009 UC Sampdoria zakończyła na bardzo słabym 13. miejscu i klub nie przedłużył wygasającej umowy z trenerem Mazzarrim.