NXT (2013-2016) 9 stycznia 2013 roku Sebei podpisał kontrakt z WWE, a 13 lutego zaliczył debiut w federacji rozwojowej NXT pod pseudonimem Sami Zayn. Ze zmianą pseudonimu wiązała się również utrata maski, w której Sebei walczył od debiutu w 2002 roku. 29 maja Zayn wziął udział w 18-osobowym battle royal o miano pretendenta do pasa NXT, ale został wyeliminowany przez Masona Ryana. 17 lipca Zayn przegrał kolejną walkę o miano pretendenta w walce z Cesaro i Leo Krugerem. Na NXT Arrival Zayn przegrał z Cesaro. 29 maja 2014 roku na NXT TakeOver Zayn ponownie przegrał w walce o miano pretendenta do pasa NXT, tym razem z Tylerem Breeze. W czerwcu Zayn rozpoczął feud z Tysonem Kiddem i utworzył tag team z Adrianem Neville’em, który obronił go przeciwko Kiddowi na NXT. 8 września 2014 roku Neville i Zayn pojawili się na Raw, gdzie pokonali Breeze'a i Kidda.
11 września 2014 roku na NXT TakeOver: Fatal 4-Way Zayn brał udział w Fatal 4-way matchu o NXT Championship, gdzie był bliski zdobycia tytułu, ale Adrian Neville uniemożliwił sędziemu doliczenie do 3 przy przypięciu przez Zayna, co zniszczyło przyjaźń obu zawodników. W walce brali również udział Tyler Breeze i Tyson Kidd.