Od lutego 1945 pracował na stanowisku adiunkta w Katedrze Uprawy Roślin Uniwersytetu Jagiellońskiego, we wrześniu tego samego roku przedstawił rozprawę Wrażliwość pszenic na rdzę brunatną Puccinia triticina Eriksson i na jej podstawie uzyskał stopień doktora habilitowanego oraz stanowisko kierownika Katedry w której pracował. Równocześnie otrzymał polecenie od Edwarda Bzymka-Strzałkowskiego zorganizowanie wywiadu gospodarczego i nadzór nad Biurem Studiów. W maju 1945 został referentem wywiadu gospodarczego DSZ, a od stycznia 1946 był zastępcą kierownika sieci wywiadowczej WiN noszącej kryptonim „Izba Kontroli”, następnie został szefem wywiadu Obszaru Południowego WiN. W lipcu 1946 Delegat Rządu powołał Eugeniusza Ralskiego na stanowisko kierownika Katedry Fitopatologii i Ochrony Roślin połączonych Uniwersytetu i Politechniki Wrocławskiej, jednocześnie powierzono mu zadanie zorganizowania tej katedry, otrzymał też tytuł profesora nadzwyczajnego. Po kilku miesiącach 24 sierpnia 1946 został aresztowany przez Urząd Bezpieczeństwa pod zarzutem nieujawnienia przynależności do Armii Krajowej i organizacji WiN.