Expansion et déclin de l'islamisme, Gallimard, Paris, 2000; 2e édition refondue et mise à jour, coll. Folio actuel, Gallimard, 2003. Chronique d'une guerre d'Orient, Gallimard, Paris, 2002. Fitna. Guerre au cœur de l'islam, Gallimard, Paris, 2004; rééd. coll. « Folio actuel Gallimard, 2007. Terreur et martyre. Relever le défi de civilisation, Flammarion, Paris, 2008; rééd. coll. Champs actuel, Flammarion, 2009. Banlieue de la République. Société, politique et religion à Clichy-sous-Bois et Montfermeil, Gallimard, Paris, 2012. Quatre-vingt-treize, Gallimard, Paris, 2012. Passion arabe, Gallimard, Paris, 2013. Passion française. La voix des cités, Gallimard, Paris, 2014. Passion en Kabylie, Gallimard, collection Témoins, 2014. Qui est Daech?, avec Edgar Morin, Régis Debray, Michel Onfray, Olivier Weber, Jean-Christophe Rufin et Tahar Ben Jelloun, Philippe Rey, 2015. Terreur dans l'Hexagone, Genèse du djihad français, Gallimard, Paris, 2015.