Opracował również edycję Miszny ze zwokalizowanym tekstem i niemieckimi tłumaczeniami komentarzy. Isaak Markus Jost należał do kręgu, który wspierał literaturę żydowską. Występował wielokrotnie jako apologeta Judaizmu wobec reakcjonistów politycznych i krytyków literatury rabinackiej. Wyrażał tę postawę w swoich dziełach, m.in. „Was Hat Herr Chiarini in Angelegenheit der Europäischen Juden Geleistet?” (Berlin, 1830) czy „Offenes Sendschreiben an den Geheimen Oberregierungsrath Streckfuss” (Berlin, 1833).
Na początku panowania Fryderyka Wilhelma IV pojawiła się wieść, że zamierza on zmienić sytuację prawną Żydów, żyjących na terenie Prus. Nie chciał dopuścić do zrównania ich w prawie, czyniąc Prusy „państwem chrześcijańskim”. Jost w 1842 roku, w odpowiedzi na postanowienia nowego władcy, napisał książki o zagadnieniach prawnych, które dotyczyły Żydów w państwie pruskim. Były to: „Legislative Fragen Betreffend die Juden im Preussischen Staate” (Berlin, 1842) oraz „Nachträge zu den Legislativen Fragen” (Berlin, 1842). Jost miał duży wpływ na powstanie nowoczesnej żydowskiej historiografii. Była ona jeszcze nierozwinięta, kiedy zaczął publikować swoje prace. Nie zgadzał się ze światopoglądem współczesnych myślicieli i twórców.