Jedyna córka Pawlikowskiego z drugiego małżeństwa Iwa zginęła tragicznie w Krakowie w 1945 r.

Po II wojnie światowej majątek Pawlikowskich został skonfiskowany przez władze PRL, a Jan Henryk zmarł w zapomnieniu. Pochowany został na starym cmentarzu w Zakopanem (kw. L-I-6)Jan Gwalbert Pawlikowski.. mały|Grób Pawlikowskich na Cmentarzu Zasłużonych na Pęksowym Brzyzku

Twórczość Motywy tatrzańskie i góralskie był dominujące w jego twórczości, m.in. w jego najbardziej znanym dziele, opartym na góralskich legendach, pt. Bajda o Niemrawcu (1928). Drugą jego powieścią o podobnej tematyce jest saga rodu góralskiego Cisonie (1963).

Najważniejsze prace, dotyczące zarówno Podhala, jak i Tatr, to: O początku osady „zakopiańskiej” i nazwy „Zakopane” („Tyg. Powsz.” 1951, nr 39), Z Kozińca po 65 latach („Wierchy” 1962), Taniec góralski (w dziele zbior. „Past. Tatr Pol. i Podh.” 7, 1967), Pasterstwo tatrzańskie w polskiej literaturze beletrystycznej (tamże). Ogłosił też lit. apoteozę narciarstwa pt. Pierwsze słowa („Zima” 1929, nr 1) oraz wspomnienia: o Stanisławie Bronikowskim (Ofiara Zamarłej Turni, „Tat.” 1915-21) i o Stanisławie Mierczyńskim („Tyg. Powsz.” 1952, nr 13). Pośmiertnie ukazało się też Z Orkanem w Nowym Targu („Tyg. Powsz.” 1973, nr 38).