W wieczór Halloween Strach na Wróble grozi miastu, że rozpyli w mieście swoją nową toksynę strachu i zdetonuje ukryte bomby, co zmusza władze do ewakuowania z Gotham sześciu milionów osób. W mieście pozostają jedynie przestępcy, którzy liczebnie znacznie przewyższają siły porządkowe pod dowództwem komisarza Gordona. Przewidując nowe zagrożenia, Batman pozostaje w mieście, starając się jednocześnie powstrzymać Stracha na Wróble przed rozpyleniem toksyny.
Gotham City w Arkham Knight jest około pięciu razy większe niż dzielnica Arkham City z gry o tym samym podtytule. Akcja rozgrywa się w centrum miasta, podzielonym na trzy wyspy – Blake Island, Founders’ Island i Miagani Island – i zróżnicowane dzielnice, takie jak oświetlone neonami Chinatown i dzielnica portowa. Na Blake Island znajdują się mniejsze budynki, obszary biedoty i porzucone doki, Founders’ Island to nowoczesna dzielnica pełna wieżowców, wybudowana na ruinach slumsów, z kolei Miagani Island to dawna metropolia, pośrodku której stoi Wayne Tower.
Fabuła