Jeżeli postać w momencie odnalezienia trofeum nie dysponuje odpowiednim narzędziem, które pozwala je odblokować, może oznaczyć je na mapie i wrócić do niego później. Rozmieszczenie zagadek można poznać również poprzez przesłuchiwanie zbirów Człowieka-Zagadki. Wśród innych zadań pobocznych znajdują się m.in. badanie sprawy seryjnego zabójcy poprzez rekonstruowanie miejsca zbrodni lub wykorzystywanie skanera tkanek. Ukończenie wątku fabularnego odblokowuje tryb nowej gry plus, w którym postać zaczyna z zachowaniem wszystkich gadżetów, doświadczenia, umiejętności i trofeów Człowieka-Zagadki z poprzedniego podejścia.
Batmobil Batmobil, pojawiający się w poprzednich częściach w przerywnikach filmowych, w Arkham Knight staje się grywalnym pojazdem. Kuloodporny samochód może zostać przyzwany przez Batmana kiedy stoi on na ziemi albo podczas szybowania – wtedy Batman wsiada do niego w locie. Pojazdem można wybijać się w powietrze, używać dopalacza, obracać się w miejscu, przebijać przez niezniszczalne inaczej obiekty, prowadzić ostrzał oraz katapultować się z niego, co automatycznie rozpoczyna szybowanie nad Gotham City.