Poparcie dla jego kandydatury wyrazili politycy z różnych stron sceny politycznej, między innymi François Bayrou, Daniel Cohn-Bendit, Bertrand Delanoë, Bernard Kouchner, Dominique Perben i Manuel Valls.
W pierwszej turze wyborów 23 kwietnia 2017 otrzymał 8,7 miliona głosów (24,01%), zajmując 1. miejsce spośród 11 pretendentów. Przeszedł do drugiej tury razem z eurosceptyczną kandydatką Marine Le Pen z Frontu Narodowego, która uzyskała poparcie na poziomie 21,30%. Bezpośrednio po ogłoszeniu sondażowych wyników głosowania poparcie dla niego zadeklarowali François Fillon (zajął 3. miejsce) oraz Benoît Hamon (zajął 5. miejsce). W drugiej turze wyborów 7 maja 2017 otrzymał 20,7 miliona głosów (66,10%), wygrywając tym samym wybory i stając się najmłodszą osobą wybraną na ten urząd. Dzień po wyborach ustąpił z funkcji przewodniczącego swojego ugrupowania.
14 maja 2017 Emmanuel Macron został zaprzysiężony na prezydenta Republiki Francuskiej. Następnego dnia powołał na urząd premiera Édouarda Philippe’a z partii Republikanie, a także udał się z pierwszą wizytą zagraniczną do Berlina, gdzie spotkał się z kanclerz Niemiec Angelą Merkel. W lipcu 2020 na nowego premiera wyznaczył Jeana Castex.