W okresie rządów brytyjskich w Lazzaretto kontynuowano jego misję, a w latach 1837 i 1838, gdy gubernatorem był sir Henry Bouverie, szpital został nawet powiększony. Na krótko był używany jako kwatera dla wojska, lecz w 1871 została przywrócona jego pierwotna funkcja. W XIX wieku niektóre przychodzące listy i przesyłki poddawane były odkażaniu w Biurze Dezynfekcji szpitala, aby zapobiec rozprzestrzenianiu się chorób.
Podczas II wojny światowej, w czasie oblężenia Malty, wyspa Manoela i jej fort były wykorzystywane jako baza morska dla Royal Navy, nosząc kryptonimy "HMS Talbot" oraz "HMS Phœnicia". Kaplica św. Antoniego została zniszczona przez bezpośrednie trafienie bombą podczas nalotu Luftwaffe w marcu 1942 roku. Fort pozostawał opuszczony przez wiele lat i oba obiekty, Fort Manoel i Lazzaretto, uległy dewastacjiSaid, Frans H. [dostęp 20-01-2016]..
Remonty i renowacja rozpoczęły się z początkiem XXI wieku.
Współczesność thumb|Most na wyspę Manoela