3 listopada 1943 r. w Trawnikach między 5 a 6 rano pojawiły się jednostki Policji SS i żandarmerii w sile ok. 1100 ludzi, które otoczyły obóz podwójnym kordonem. Było to m.in. 300 członków 1 Kompanii 41 Batalionu Policji (Reserve-Politzeibataillon 41). Załoga obozu szkoleniowego SS oraz obozu pracy w Trawnikach nie brały bezpośredniego udziału w egzekucji. Przebieg wydarzeń z 3 listopada znany jest z zeznań niemieckich pracowników firmy Schultza, polskich mieszkańców Trawnik, którzy obserwowali mord ze strychów swoich domów, oraz żydowskich więźniów, którzy tego dnia znaleźli się poza obozem.
Więźniów zgromadzono na terenie warsztatów, po czym pędzono grupami w stronę obozu szkoleniowego. Tam wszyscy musieli się rozebrać, a następnie byli pędzeni w stronę rowów egzekucyjnych. Rowy te zostały wykopane kilka tygodni wcześniej na rozkaz Franza Bartetzki, rzekomo w celach przeciwlotniczych. Więźniowie byli zmuszani do wejścia do rowów, gdzie przy pomocy broni maszynowej i granatów ich zabijano (kolejne ofiary przed zastrzeleniem musiały położyć się na ciałach więźniów już zabitych). Z ustawionych specjalnie głośników nadawana była głośna muzyka (jej dźwięki słychać było poza obozem), która miała zagłuszyć odgłosy strzałów i jęki mordowanych więźniów. Egzekucje wykonano także w ten sam sposób na ok.