Zmiany dokonały się także w umięśnieniu. Doły skroniowe już wcześniej uległy otwarciu (co widać u Petrolacosaurus czy Archaeothyris), co umożliwiło ekspansję przyczepów mięśni, mieszczących się w otworach podczas skurczu. Synapsydy cechowały się dużymi mięśniami poruszającemi żuchwą. Dopiero u tej grupy przyczepy mięśni poruszających żuchwę przeniosły się na zewnętrzną jej powierzchnię, jak to miało miejsce u terapsydów. Znalazł się tam przyczep żwacza, początkowo mięśnia niewielkich rozmiarów, przebiegającego z żuchwy do łuku jarzmowego, o działaniu antagonistycznym do mięśni skroniowego i skrzydłowego (do góry i zewnętrznie). Z biegiem czasu żwacz powiększał się, powiększała się i kość zębowa, do której się przyczepiał. Powiększona kość zębowa występuje u cynodontów. Natomiast w górnej części żuchwy powstał grzebień stanowiący miejsce przyczepu mięśnia skroniowego. Odtąd dwa mięśnie o przeciwnym działaniu razem zapewniały możliwość żucia dzięki ruchom w kierunku bocznym. Początkowo taki sposób rozdrabniania pokarmu utrudniał fakt uczestniczenia wielu kości w budowie żuchwy;