Z dniem 15 maja 1939 batalion stał się oddziałem gospodarczym. Stanowisko kwatermistrza batalionu przemianowane zostało na stanowisko zastępcy dowódcy batalionu do spraw gospodarczych, płatnika na stanowisko oficera gospodarczego, zastępcy oficera materiałowego dla spraw uzbrojenia na zbrojmistrza, zastępcy oficera materiałowego dla spraw żywnościowych na oficera żywnościowego.
Walki batalionu Baon jeszcze 14 września otrzymał rozkaz opuszczenia fortyfikacji i udania się na przedmoście rumuńskie. Wieczorem 16 września transporty były już gotowe do odjazdu. Tymczasem 16 września samoloty niemieckie zbombardowały stację kolejową Równe i ruch na linii kolejowej od Sarn na południe został sparaliżowany. Na wiadomość o wkroczeniu Armii Czerwonej, dowódca KOP gen. bryg. Wilhelm Orlik-Rückemann wydał 17 września w Dawidgródku rozkaz stawienia oporu i jednoczesnej koncentracji batalionów na zapleczu fortyfikacji na rzece Słucz, w rejonie Moroczna, Lubieszowa i Siedliszcza. Koncentracja miała być realizowana pod osłoną fortyfikacji obsadzonych przez pułk KOP „Sarny”, w tym batalionu KOP „Małyńsk. Wykonując rozkaz dowódcy KOP, dowódca pułku ppłk Sulik podjął decyzję o powrocie baonów fortecznych „Sarny” i „Małyńsk” na dotychczas zajmowane pozycje.