Pod koniec sezonu 2011 walczył z Ryanem Braunem z Milwaukee Brewers o tytuł najlepszego uderzającego w lidze. 28 września 2011 w ostatnim meczu przeciwko Cincinnati Reds, po zaliczeniu single'a w pierwszej zmianie, poprosił menadżera Terry'ego Collinsa o zmianę. Tego samego dnia w spotkaniu Brewers – Los Angeles Dodgers Braun przy czterech podejściach nie zaliczył odbicia i zakończył sezon ze średnią 0,332. Reyes z kolei zanotował średnią 0,337. Po zakończeniu sezonu Reyes został wolnym agentem.
Miami Marlins 7 grudnia 2011 podpisał sześcioletni kontrakt wart 106 milionów dolarów z Miami Marlins. Podczas gry w Marlins ustanowił rekord kariery i jednocześnie wyrównał rekord klubowy, należący do Emilio Bonifacio, zaliczając przynajmniej jedno odbicie w 26 meczach z rzędu. Sezon 2012 zakończył ze średnią 0,287, zdobył 11 home runów, zaliczył 57 RBI i skradł 40 baz.