W Nowej Szkocji samice rodzą jeden miot i nie stwierdzono, aby rozmnażały się w roku urodzenia.
Zachowania Skoczomyszy w ciągu dnia zwykle chowają się w norach, własnych lub innych drobnych ssaków, albo pod krzewami. Nora skoczomyszy ma do 1,5 m długości, wejście jest zakrywane w ciągu dnia. Budują one kuliste gniazdo z trawy i liści, osiągające 154 mm średnicy; może być ono ukryte w tunelu, krzaku lub umieszczone na ziemi. Gryzonie te przeważnie poruszają się chodząc lub podskakując na czterech kończynach. Zwykle skaczą na 0,6 do 0,9 m, ale wystraszone potrafią skoczyć na odległość 1,8 m i wysokość 60 cm. W innych źródłach można znaleźć informacje o skokach na odległość nawet 3 m. Przestraszona skoczomysz porusza się chaotycznymi skokami, po czym zastyga w bezruchu za gałęzią lub pod liściem, dezorientując w ten sposób drapieżnika.
Zwierzęta te potrafią się wspinać, w czym pomagają sobie balansując ogonem, a także pływać, choć na krótkich dystansach; zwykle unikają wody. Areał osobniczy samców ma powierzchnię ocenianą na 0,4–3,6 hektara, samicy – 0,4–2,6 ha. Gromadzą się wokół sezonowo dostępnych źródeł pokarmu (np. jagód). W niewoli nie są agresywne wobec własnego gatunku, sypiają wspólnie z innymi osobnikami.