Teoria neutralna ewolucji molekularnej – jedna z teorii ewolucji.
Podstawy – synteza ewolucyjna Teorie ewolucji opisują zmienność organizmów w czasie. Od czasów Darwina wiadomo, że poszczególne taksony zmieniają się stopniowo, a ewolucja zachodzi na skutek zmiany proporcji cech organizmów. Poszczególne organizmy różnią się bowiem zdolnością do przeżywania i rozmnażania się (dostosowanie), wobec czego podlegają działaniu doboru naturalnego. Nowe cechy pojawiają się na skutek mutacji w materiale genetycznym, które mogą utrwalać się w populacji bądź zanikać, zależenie od wpływu na funkcjonowanie organizmu, ale także od dryfu genetycznego, czyli losowych zmian częstości alleli w populacji. Opisuje to synteza ewolucyjna.
Zmiany wynikające z dryfu genetycznego przebiegają inaczej niż te uwarunkowane doborem naturalnym. Nie ma tutaj znaczenia, czy cecha warunkowana przez dany gen jest dla organizmu przydatna, obojętna, czy też może szkodliwa. Losowe procesy sprawiają, że do następnego pokolenia trafiają losowe geny. Im mniejsza populacja, tym ten efekt silniej na nią wpływa (ważna jest efektywna wielkość populacji, a więc liczba osobników rzeczywiście przystępujących do rozrodu, a nie całkowita liczba osobników w populacji).