W 1939 zaręczyła się z entomologiem-apiologiem Mieczysławem Steinem (1913–1940) – prawnukiem Karola Estreichera (1827–1908)D. Matelski, Karol Estreicher jr 1906–1984 – biografia wielkiego Polaka, tom I (do 1939 roku), Kraków 2016, s. 371; t. II (1939–1945), Kraków 2017, s. 462..
Po wybuchu II wojny światowej wraz z narzeczonym przedostała się do Lwowa. Po zajęciu miasta przez Armię Czerwoną nie przyjęli paszportów radzieckich, a próby powrotu do Generalnego Gubernatorstwa zakończyły się niepowodzeniem. W czerwcu 1940 zostali aresztowani i wywiezieni w głąb ZSRR do tajgi w rejonie Archangielska (osada Ustiliszcze), gdzie pracowała fizycznie w lesie. Po próbie ucieczki narzeczony zamarzł w tajdze, a Zdzisławę Wójcik ponownie aresztowano, przebywała w kilku aresztach tymczasowych, więzieniach i szpitalach w Wierchniej Tojmie, Kotłasie, Wołogdzie i Archangielsku. Po amnestii w 1941 podjęła tam pracę w ogrodach miejskich i pracowała przy budowie dróg pod Murmańskiem. W marcu 1942 została zatrudniona w Delegaturze Rządu RP.