Walka z podziemiem należała do najważniejszych zadań UB. Funkcjonariusze mieli rozpracowywać struktury podziemia. Sowieci przekazali dla PUBP dwóch rezydentów i około trzydziestu informatorów, ponadto próbowano werbować miejscową ludność i członków podziemia. Działania te były jednak nieskuteczne. Funkcjonariusze bielskiego PUBP nie mieli doświadczenia w tej pracy, a nauka szła im wolno. Do końca stycznia 1945 roku wciąż opierali się na agenturze sowieckiej, nie zweryfikowali też danych przekazanych przez Smiersz. Dodatkowym utrudnieniem był rozkaz szefa WUBP, aby wszystkich aresztowanych członków podziemia natychmiast przekazywać do Białegostoku. Niemal do końca 1945 roku dochodziło do nieporozumień wynikających stąd, że żołnierze podziemia nosili te same mundury, co członkowie grup operacyjnych.