Nie udało mu się odbudować pozycji stadniny, a także zarzucano mu, że na aukcję Pride of Poland w 2019 wystawił najlepsze klacze, zubażając linie genetyczne stadniny. Między kwietniem a wrześniem 2020 prezesem był Marek Gawlik, niemający doświadczenia w hodowli koni. Sytuacja nieco się polepszyła za prezesury Lucjana Cichosza, również będącego politykiem PiS, ale posiadającego wykształcenie kierunkowe. Przez kolejne dwa lata stadnina, ponosząca od kilku lat milionowe straty, uzyskała niewielki zysk. W marcu 2023 prezesem kilka dni była Hanna Sztuka, a jej następcą został Marcin Oszczapiński.
W grudniu 2017 rozporządzeniem Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Andrzeja Dudy Stadnina Koni Janów Podlaski została ustanowiona pomnikiem historii.
Dyrektorzy i kierownicy Aleksander Potocki (1816/1817–1832) Jan Ritz (1816/1819–1826) Andrzej Krzyształowicz (1956–1991) Marek Trela (2000–2016) Marek Skomorowski (2016) Sławomir Pietrzak (2016–2018) Grzegorz Czochański (2018–2020) Marek Gawlik (2020) Lucjan Cichosz (2020–2023) Hanna Sztuka (w 2023) Marcin Oszczapiński