Odniósł sukces i został przewodniczącym rady miejskiej w Teheranie.
Jesienią tego samego roku został aresztowany, by nie mógł wystartować w wyborach parlamentarnych, po których spodziewano się sukcesu reformatorów i objęcia przez Nuriego stanowiska przewodniczącego parlamentu.
Oskarżono go o publikowanie świętokradczych artykułów na łamach prowadzonej przez siebie gazety „Chordad”, wspierającej politykę Chatamiego, wypowiedzi sprzeczne z nauczaniem ajatollaha Chomejniego, publiczne wspieranie dysydenta – ajatollaha Hosejna Alego Montazeriego (którego nazywał swoim wzorem i przewodnikiem duchowym). Proces Abdollaha Nuriego wzbudził ogromne zainteresowanie mediów; oskarżony broniąc się opierał się głównie na cytatach z wypowiedzi Chomejniego. Deklarował wierność wobec republiki islamskiej, twierdząc, że jego działania miały służyć jej przetrwaniu i uchronić kraj przed nową rewolucją. W listopadzie 1999 został uznany za winnego obrazy islamu i kwestionowania władzy Najwyższego Przywódcy. Skazany na pięć lat więzienia, wyszedł na wolność w