Jak piszą twórcy projektu przebudowy Galerii, w pracy nad projektem nowej aranżacji starano się uzyskać nastrój charakterystyczny dla historycznego wnętrza sakralnego, jednak bez dosłownych odniesień do architektury katedry w Faras. Sala mieszcząca główną ekspozycję malowideł ściennych ma hierarchiczny, kierunkowy charakter. Poprzeczne arkady wydzielają kolejne aneksy. Osiowa kompozycja arkad zamknięta jest absydą. Znajdują się tam malowidła rozmieszczone podobnie jak w świątyni w Faras. W sali głównej wschodniego traktu galerii na dłuższych ścianach wprowadzono płytkie arkady. Blendy w arkadach podkreślone są kolorem, dla stworzenia odpowiedniego tła do ekspozycji malowideł i kamiennych detali architektonicznych. Posadzka galerii wyłożona jest tym samym gatunkiem kamienia, który ułożony był w hallu głównym i na schodach reprezentacyjnych Muzeum Narodowego w Warszawie 80 lat temu. Wyeliminowano dostęp dziennego światła dla kontroli natężenia, barwy i kierunku padania oświetlenia i przez to – dla właściwej ekspozycji nubijskich dzieł. Całość dopełniają nagrania oryginalnych koptyjskich śpiewów liturgicznych, które są odtwarzane w tej części galerii.
We wschodnim trakcie galerii wyznaczona została specjalna przestrzeń dla multimediów.