Podgatunki Wyróżniono sześć podgatunków andotanagera kapturowego: B. m. venezuelana Aveledo & Perez, 1989 – wenezuelska część Andów Północnych; B. m. gigas (Bonaparte, 1851) – północna część Andów kolumbijskich; B. m. cucullata (Jardine & Selby, 1842) – zachodnie i centralne pasma Andów w Kolumbii oraz Ekwador; B. m. cyanonota von Berlepsch & Stolzmann, 1896 – Andy peruwiańskie (od regionu Amazonas po Junín); B. m. saturata von Berlepsch & Stolzmann, 1906 – Andy południowo-wschodniej części Peru (regiony Cuzco i Puno); B. m. montana (d’Orbigny & Lafresnaye, 1837) – Andy północnej Boliwii (departamenty: La Paz, Cochabamba i zachodnia część Santa Cruz). Podgatunek venezuelana niekiedy traktowany jako synonim podgatunku gigas.
Status i zagrożenia Przez IUCN sklasyfikowany jako gatunek najmniejszej troski (Least concern – LC) ze względu na duży zasięg występowania i spore zagęszczenie populacji w sprzyjających biotopach. Globalna liczebność gatunku nie jest znana, ale jest szacowana na znaczną, nie ma też doniesień o gwałtownym spadku populacji.