Niekiedy przyczyniają się do niszczenia upraw, takich owoców i warzyw jak mango, kakao, awokado czy kukurydza.
Systematyka Gryzonie Ameryki Południowej są wciąż stosunkowo słabo znane nauce, wobec czego granice pomiędzy poszczególnymi podgatunkami, a także pomiędzy rodzajami Sciurus, Microsciurus i Sciurillus bywają płynne. W przeszłości niektórzy autorzy wyodrębniali także osobny rodzaj Mesosciurus, do którego miało należeć kilka spośród podgatunków obecnie klasyfikowanych jako wiewiórki rudoogonowe.
Na podstawie różnic w wyglądzie i miejscu występowania wyodrębniono 32 podgatunki wiewiórki rudoogonowej:
Tryb życia Podobnie jak wszystkie inne wiewiórki występujące w Ameryce Południowej, Sciurus granatensis jest zwierzęciem dziennym. Buduje kuliste gniazda z gałązek i listowia w porastających drzewa pnączach lub na konarach.
Rozród thumb|left|Młoda wiewiórka rudoogonowa Wiewiórki rudoogonowe zwykle rozmnażają się pod koniec grudnia lub na początku stycznia do października. Podczas godów samce zaczynają szukać samic trzy lub więcej dni przed ich wejściem w ruję. W dzień, w którym u samicy rozpoczyna się ruja, wiele samców zaczyna wkraczać w jej terytorium i goni ją aż do momentu pokrycia. Samiec traci zainteresowanie samicą w ciągu 15 do 30 minut po kopulacji.