Dorobek naukowy Zainteresowania naukowo-badawcze Jerzego Juchnowskiego koncentrują się wokół tematyki związanej z polską i europejską myślą polityczną w aspekcie historycznym i współczesnym, najnowszą historią stosunków międzynarodowych, problematyką integracji europejskiej oraz dziejami najnowszymi Dolnego Śląska. Do jego najważniejszych publikacji należąDane na podstawie Biblioteki Narodowej w Warszawie, stan na sierpień 2018 roku: The Image of «White» and «Red» Russia in the Polish Political Thought of the 19th and 20th Century: Analogies and Parallels, Peter Lang GmbH, Berlin – Bruksela 2018; współautor Europa. Idee, koncepcje, rzeczywistość, Kraków 2016; współredaktor The Concept of State and Nation in Polish Political Thought in the Period of War and Occupation (1939–1945), Toruń 2015; współautor Istota państwa w zachodnioeuropejskiej myśli politycznej. Od polis do państwa narodowego, Warszawa 2013. Z archiwum politycznego profesora Stanisława Kota. Polska myśl polityczna XX wieku.