Działalność podczas II wojny światowej W okresie okupacji jako Polka została zwolniona z pracy w gimnazjum. Pracowała jako pomoc laboratoryjna w aptece na rynku w Katowicach. W październiku 1939 włączyła się w akcję tajnego nauczania na Śląsku. Nawiązała kontakt z dr Alojzym Targiem, działającym w Warszawie w Śląskim Biurze Szkolnym, będącym oddziałem Delegatury Rządu na Kraj, organizując jego komórkę w Katowicach. Działała również w Tajnej Organizacji Nauczycielskiej.
Dowiadując się o tragicznym losie więźniów w obozach koncentracyjnych, Janina Klatt zorganizowała liczne akcje pomocy. Zaangażowała się w pracę Wojskowej Służby Kobiet, której komendantką była harcmistrzyni Ada Korczyńska. Razem z harcerkami XVI drużyny im. Marii Skłodowskiej – Curie (z Miejskiego Gimnazjum Żeńskiego) cotygodniowo organizowała transport żywności, leków oraz ciepłej bielizny na tereny pracy pozaobozowej dla więźniów KL Auschwitz.
Udostępniała swoje mieszkanie żołnierzom podziemia. Wydana przez sąsiadów, 23 listopada 1942 została aresztowana i osadzona w więzieniu przy ul. Mikołowskiej w Katowicach. Tam była brutalnie przesłuchiwana. Po trzech miesiącach została przeniesiona do obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau, gdzie została rozstrzelana 29 marca 1943.