II edycja misterium miała miejsce po południu. III i IV edycja odtwarzana było tylko raz, wieczorem o 19:30. Od V edycji mają miejsce dwie odsłony widowiska: popołudniowa i wieczorna. Począwszy od XII edycji mają one miejsce: o godz. 16 w świetle dziennym i o 20 przy sztucznym oświetleniu (wcześniej, od V do VII edycji wieczorna odsłona odbywała się o 19:30, od VII edycji o 19:45). Całość rozgrywa się w naturalnym terenie, ukształtowaniem nawiązującym do Palestyny z czasów życia Chrystusa. Scenografia obejmuje m.in. Wieczernik, pałac Kajfasza, pałac Piłata, grób Pański, Golgotę, czy też pełne dzieci żydowskie miasteczko.
Misterium odbywa się pod patronatem ordynariusza diecezji bydgoskiej, prezydenta Bydgoszczy, marszałka województwa kujawsko-pomorskiego oraz przy pomocy finansowej i organizacyjnej szeregu sponsorów, m.in. firm, mediów, organizacji społecznych. Przygotowanie strojów odbywa się z konsultacją bydgoskich artystów, na bazie źródeł historycznych. Liczba widzów corocznie sięga kilkunastu tysięcy osób.
Bydgoskie Misterium Męki Pańskiej należy do stowarzyszenia „Europassion” (zał. 1982) zrzeszającego ok. 70 organizacji tworzących Misteria Męki Pańskiej w Europie.