W czasie panowania swej kuzynki Marii I Małgorzata wraz z mężem zamieszkali w Anglii - królowa przeznaczyła dla kuzynki apartament w pałacu Westminsterskim. W listopadzie 1553, królowa powiedziała ambasadorowi Simonowi Renard, że to właśnie hrabina Lennox jest najlepszą kandydatką do objęcia tronu po jej śmierci (wierna pamięci matki Maria I uważała swoją zrodzoną z Anny Boleyn przyrodnią siostrę Elżbietę za protestancką heretyczkę i bękarta swojego ojca)Maureen Waller: Królowe Anglii. Od Krwawej Marii do Elżbiety IIstr. 135. Hrabina była główną żałobnicą w czasie pogrzebu królowej Marii w grudniu 1558. Po wstąpieniu Elżbiety I na tron angielski, Małgorzata wraz z mężem i dziećmi przeniosła się do Yorkshire i zamieszkała w pałacu Temple Newsam, stając się niejako centrum katolickich intryg i spisków na dworze. Pozycja Małgorzaty wzrosła gdy jej syn Henryk poślubił niedawno przybyłą z Francji królową Szkotów Marię, jednocząc w ten sposób roszczenia do angielskiej korony ze strony władców Szkocji i Małgorzaty (Jakub V, król Szkotów i Małgorzata Douglas byli przyrodnim rodzeństwem - dziećmi Małgorzaty Tudor, córki Henryka VII i jego żony Elżbiety York, tak więc Henryk i Maria byli kuzynami).