Fortyfikacje zostały ponownie unowocześnione w XVII wieku, kiedy został zbudowany olbrzymi Bastion De Redina. Brama Miejska, teren wokół Bramy Greków i inne części fortyfikacji zostały zmodernizowane lub przebudowane przez architekta Charlesa François de Mondion na początku XVIII wieku. Natomiast Bastion Despuiga został zbudowany w czasie panowania Wielkiego Mistrza Ramona Despuiga między rokiem 1739 a 1746.
Wykonano plany wzmocnienia obrony miasta przez dodanie fortyfikacji, ale nie zostały one zrealizowane do końca, ponieważ Zakon skoncentrował się na fortyfikacjach w okolicy Wielkiego Portu.
Fortyfikacje Mdiny były częścią Victoria Lines pod koniec XIX wieku.
Fortyfikacje w XXI wieku thumb|Prace konserwatorskie w fosie Mdiny w 2013 roku (Brama Greków) Pierwsze plany odnowienia fortyfikacji Mdiny zostały wykonane w 2006 roku, jako część projektu, który zakładał także odnowienie umocnień Valletty, Birgu i Cittadelli (Gozo). Ostatecznie, renowacja rozpoczęła się w 2008 roku. W niektórych przypadkach, gdzie bastiony zaczęły obsuwać się w dół po gliniastym zboczu, aby je wzmocnić, wstawiono w mury stalowe pręty.