Ikonostas całkowicie różnicuje kościół grecki od rzymskiego pod względem układu wnętrza.
Według nauki Cerkwi prawosławnej sanktuarium jest symbolem nieba, miejsca szczególnego przebywania Boga. Tam kapłan sprawuje Boską Liturgię, tam znajduje się tabernakulum (cs. darochranitielnica). Ikonostas wprowadza wiernych w mistykę wydarzeń dziejących się w miejscu ołtarzowym. Wierni mogą spoglądać na wizerunki świętych i proroków w celu lepszego zrozumienia Liturgii, zgodnie z poglądem, że człowiek nie jest w stanie pojąć rozumem dziejących się tam wydarzeń. Ikonostas obrazuje Niebo, którego namiastką staje się Sanktuarium.
Geneza ikonostasu thumb|Rekonstrukcja barierek w prezbiterium bazyliki św. Pawła i Piotra w starożytnej Gerazie (obecnie w Jordanii) thumb|Templon w bazylice Santa Maria in Cosmedin w Rzymie thumb|Templon z ikonami na architrawie w bazylice Santa Maria Assunta di Torcello (VII w.) thumb|Templon w kościele Santa Maria in Valle Porclaneta w Abruzji thumb|Przegroda w kościele św. Sergiusza w Kairze (IV lub V w.) W Kościele pierwotnym miejscami do zebrań wspólnot wiernych były domy zamożnych chrześcijan. Domy przystosowane do takich spotkań liturgicznych (domus ecclesiae) nie różniły się w istotny sposób od zwykłych budynków mieszkalnych.