Według dokumentów opublikowanych przez amerykańską CIA w 2008 roku, „Dyrektor Kolumbijskiej Policji Krajowej generał Miguel Antonio Gómez Padilla powiedział „że kierował oficerów PKK do utrzymywania kontaktów z Fidelem Castaño, liderem paramilitarnym Los Pepes, w celu zbierania informacji wywiadowczych.”
Następstwa Po śmierci Escobara w 1993 roku kilku liderów Los Pepes zostało liderami narodowej grupy paramilitarnej Zjednoczone Siły Samoobrony Kolumbii (AUC), grupy, która powstała nie tylko do walki z kartelami narkotykowymi, ale także z marksistowską grupą partyzancką FARC. Bracia Castaño (Carlos 1965-2004, Vicente i Fidel, który zaginął w 1994 roku) byli założycielami kilku grup paramilitarnych i siłą napędową AUC.
Inny członek Los Pepes, Diego Murillo Bejarano znany jako „Don Berna”, został w końcu Inspektorem Generalnycm AUC i ważnym handlarzem narkotyków kartelu The Office of Envigado.
Instytut Studiów Politycznych USA poszukuje związków, jakie miała CIA i DEA z Los Pepes. Wnieśli już oni pozew przeciwko CIA na podstawie aktu o wolności informacji.