Po powrocie zakochała się w księciu de La Rochefoucauld, autorze słynnych Maksym, który wykorzystywał jej miłość do zwiększenia swojej miłości nad jej bratem. Właśnie Anna Genowefa była dobrym duchem pierwszej Frondy i to ona przekonała swojego męża i brata Armanda de Bourbon-Conti do przyłączenia się do buntu, jednak nie udało jej się namówić do tego swojego starszego brata Kondeusza Wielkiego, który lojalnie stał po stronie regentki Anny Austriaczki, młodego króla Ludwika XIV i kardynała Jules’a Mazarina. W czasie pierwszej Frondy mieszkała w Hôtel de Ville i w trakcie kluczowego momentu zdobywania stolicy przez buntowników, w gmachu magistratu miejskiego urodziło się jej ostatnie dziecko – Charles-Paris d’Orléans-Longueville. Mianując stolicę rodzicem chrzestnym syna, zdobyła poparcie dla swojej sprawy. Jako że pokój jej nie usatysfakcjonował, mimo że zarówno ona, jak i de La Rochefoucauld otrzymali to, czego żądali, to wkrótce po uroczystym podpisaniu traktatu pomiędzy królem a szlachtą, Anna Genowefa raz jeszcze wszczęła bunt, który przeszedł do historii jako druga Fronda, bądź Fronda Książąt, w której to odegrała bardziej prominentną rolę niż w poprzednim spisku - tym razem udało jej się włączyć do buntu Wielkiego Kondeusza i Tureniusza.