Jako współpracownik Gutenberga Schöffer miał dużo wyższą pozycję towarzyską i wewnątrzzakładową niż jakikolwiek czeladnik.
Gutenberg wielokrotnie pożyczał pieniądze od mogunckiego kupca i prawnika Jana Fusta. W 1455 Fust oskarżył Gutenberga o defraudację pieniędzy. W procesie przeciwko Gutenbergowi zeznawał również Peter Schöffer. Po przejęciu na własność hipoteki warsztatu drukarskiego Gutenberga przez Jana Fusta Schöffer został kierownikiem tej pracowni.
„De Officiis” Cycera było ostatnim dziełem ukończonym w drukarni prowadzonej wspólnie przez Fusta i Schöffera. Po śmierci Fusta w 1466 roku i poślubieniu jego córki Schöffer został jedynym właścicielem drukarni. W tym czasie drukował głównie publikacje z zakresu teologii oraz prawa cywilnego i kościelnego. W 1467 roku ukazał się tom „Summa theologiae” Tomasza z Akwinu. Ostatnim dziełem wydrukowanym w jego oficynie było czwarte wydanie „Psałterza mogunckiego”, ukończone 20 grudnia 1502 roku. Oficynie Schöffera przypisuje się ponad 250 druków jednostronicowych i książek.