W styczniu 1986 została powołana rządowa komisja, która miała przedyskutować opcje zarządzania maltańskimi dokumentami publicznymi. Zdecydowano, że należy powołać samodzielne Państwowe Archiwum Malty, z siedzibą główną w Rabacie. Oprócz tego uznano, że odpowiednim miejscem do przechowywania maltańskich dokumentów sądowych, od czasu zajęcia Malty przez Rycerzy Szpitalników do wczesnych lat okupacji brytyjskiej, będzie Banca Giuratale w Mdinie. We wrześniu 1987 rozpoczęło się przenoszenie dokumentów sądowych do budynku w Mdinie, zakończone w październiku 1988 roku. Przenoszenie pozostałych dokumentów do biura w Rabacie zakończyło się 28 lipca 1989 roku, a oficjalne otwarcie nowej siedziby Archiwum, dokonane przez piątego prezydenta Malty Ugo Mifsuda Bonniciego, miało miejsce 28 maja 1994 roku. Osobą zarządzającą Archiwum był w tym czasie Joe Caruana.