Zarówno instytucjonalne usytuowanie departamentu (przynależność do Służby Zabezpieczenia Operacyjnego grupującej komórki operacyjno-techniczne SB), jak i struktura etatowa (znaczna przewaga stanowisk mundurowych nad stanowiskami cywilnymi) wskazują na jego bliskie powiązania z organami bezpieczeństwa państwa. Jednak w odróżnieniu od typowych jednostek Służby Bezpieczeństwa ogniwa terenowe pionu PESEL nie zostały włączone w skład komend wojewódzkich Milicji Obywatelskiej / wojewódzkich urzędów spraw wewnętrznych, lecz funkcjonowały przy urzędach wojewódzkich podległych terenowym organom administracji państwowej.
PESEL po transformacji ustrojowej W przedstawionym powyżej kształcie Departament PESEL przetrwał do czasu przemian ustrojowych w Polsce i reorganizacji resortu spraw wewnętrznych, która została zakończona 31 lipca 1990 r. Proces ten obejmował przebudowę centrali ministerstwa poprzez wydzielenie zintegrowanych z nią organów bezpieczeństwa państwa i porządku publicznego oraz ucywilnienie pozostałych etatów. W nowych warunkach politycznych departament pozostał w strukturze MSWRozporządzenie Rady Ministrów z dnia 16 lipca 1990 r. w sprawie nadania statutu organizacyjnego Ministerstwu Spraw Wewnętrznych (). / MSWiARozporządzenie Prezesa Rady Ministrów z dnia 24 grudnia 1996 r.