W celu ich realizacji powoływano komisje i podkomisje problemowe, stałe i doraźne. Do najważniejszych z nich należały: Komisja Oceny Jakości Leków, przemianowana następnie na Komisję Leków, która dokonywała oceny wartości leczniczej, prawidłowości składu i celowości stosowania leków zgłaszanych do rejestracji; wyodrębniona z niej Podkomisja do spraw Opiniowania Importu Leków, specjalizująca się w lekach zagranicznych oraz Komisja do spraw Produkcji i Zużycia Leków, która zajmowała się dystrybucją preparatów farmaceutycznych w kraju.
O merytorycznym zakresie i poziomie prac w Instytucie świadczyła organizacja oraz udział w licznych konferencjach i sympozjach naukowych, w tym międzynarodowych. Swoimi wysokimi kompetencjami jako jednostki badawczej Instytut dzielił się także współpracując z krajowymi i zagranicznymi placówkami naukowymi i leczniczymi.
W 2002 r. Instytut Leków został połączony z Centralnym Laboratorium Surowic i Szczepionek w Warszawie, tworząc Narodowy Instytut Zdrowia PublicznegoNie mylić z Narodowym Instytutem Zdrowia Publicznego – Państwowym Zakładem Higieny, do roku 2007 funkcjonującym pod nazwą Państwowy Zakład Higieny.Rozporządzenie Ministra Zdrowia z dnia 11 września 2002 r.