4 listopada 1940 został mianowany na stanowisko starszego trenera Traktoru Stalingrad, w którym pracował do rozpoczęcia Wielkiej Wojny Ojczyźnianej.
Po publikacji dekretu Prezydium Rady Najwyższej ZSRR „W sprawie przesiedlenia Niemców mieszkających w rejonie Wołgi” z 28 sierpnia 1941 roku została zlikwidowana Autonomiczna Republika Niemców Nadwołżańskich i przeprowadzono całkowitą deportacje Niemców. Został deportowany i Aleksandr Keller do Kazachstanu, miasto Zyrianowsk. Jego żonie udało się dostać do Charkowa. Później został zmobilizowany do armii pracy. Od 1941 do 1951 roku był skazany i zesłany do „Wiatłagu”, obozu pracy w obwodzie kirowskim. Początkowo pracował ścince lasu, a następnie przebywał w statusie „osiedlenia”. W 1947 roku ponownie spotkał się z żoną. W 1949 w Wiatłagu urodziła się córka - NataliaПерсональный сайт - Наша Летопись.
Po wyjściu z łagru od 1951 do 1959 prowadził Dinamo Kirow. W 1960 został zaproszony na stanowisko starszego trenera Paxtakoru Taszkent, którym kierował do 3 lipca 1963. W 1964 dołączył do sztabu szkoleniowego Kajratu Ałmaty, w którym najpierw stał na czele klubu, a potem pracował jako dyrektor techniczny. Od 1966 do 1967 trenował Terek Grozny, po czym ponownie wrócił do kierowania Kajratem Ałmaty.