Pozostający na wolności działacze organizacji kontynuowali aktywność w podziemiu. Przystąpili do Koalicji Stowarzyszeń Islamskich i brali udział w protestach w Iranie 5 czerwca 1963. Sprzeciwiali się białej rewolucji, poszerzeniu zakresu praw kobiet i aresztowaniu ajatollaha Ruhollaha Chomejniego. 21 stycznia 1965 związany z Koalicją Mohammad Bokarai zamordował premiera Hasana Alego Mansura, co stało się przyczyną kolejnych aresztowań i egzekucji czterech członków grupy. Próby restytucji Fedainów po rewolucji islamskiej w 1979 zakończyły się niepowodzeniem, natomiast niektórzy działacze związani w przeszłości z organizacją odegrali znaczącą rolę w rządzie nowo powołanej Islamskiej Republiki Iranu.
Ideologia Fedaini Islamu domagali się przebudowy państwa i społeczeństwa irańskiego w oparciu o prawo religijne. Szariat miał być jedyną podstawą prawa państwowego. Fedaini domagali się anulowania wszystkich ustaw niezgodnych z szariatem i delegalizacji wszelkich form „niemoralnego zachowania”: prostytucji, hazardu, spożywania alkoholu. Fedaini dopuszczali monarchię, pod warunkiem, że szach działa w zgodzie z prawem religijnym, opiekuje się ubogimi i meczetami szyickimi, podobnie parlament uchwalać miał wyłącznie ustawy zgodne z islamem.