System rozgrywek Puchar EHF piłkarzy ręcznych w sezonie 2015/2016 składał się z czterech faz: trzech rund kwalifikacyjnych do fazy grupowej, fazy grupowej, fazy pucharowej oraz turnieju finałowego. Rundy kwalifikacyjne: uczestniczyło łącznie 60 drużyn. W pierwszej rundzie kwalifikacyjnej udział wzięły 24 drużyny. Do drugiej rundy awansowali zwycięzcy meczów. W drugiej rundzie kwalifikacyjnej wzięły udział 32 drużyny: 12 drużyn z pierwszej rundy i 20 następnych drużyn z zestawienia EHF. Zwycięzcy meczów awansowali do trzeciej rundy. W trzeciej rundzie udział wzięły 32 drużyny: 16 drużyn z drugiej rundy i 16 następnych drużyn z zestawienia EHF. Zwycięzcy awansowali do fazy grupowej. Faza grupowa: w fazie grupowej drużyny podzielone zostały na 4 grupy po 4 drużyny. Najlepsze dwie drużyny awansowały do ćwierćfinałów. Faza pucharowa: składała się z 1/4 finału. Turniej finałowy: uczestniczyły w nim zwycięzcy ćwierćfinałów i składała się z półfinałów, meczu o 3.