Grupa artystyczna ,,Hades" Pracownia ,,Hades’’ to miejsce, w którym uczniowie Gdańskiego Liceum Autonomicznego rozwijają swoje artystyczne talenty. Chętni uczniowie studiują martwą naturę w różnych konfiguracjach oraz uczestniczą w studiach rysunkowych z modela. Pracownia jest profesjonalnie wyposażona, posiada również zaplecze, w którym można pozostawić swoje materiały do pracy twórczej. Adepci sztuki przygotowują się na wybrane przez siebie kierunki artystyczne, m.in. architekturę, grafikę, malarstwo, rzeźbę, konserwację zabytków. Grupa uczniów pracuje pod kierunkiem artysty malarza i pedagoga Anny Szpadzińskiej – Koss.
Laboratorium biologiczno-chemiczne W Gdańskim Liceum Autonomicznym znajduje się dobrze wyposażone laboratorium, w którym często odbywają się warsztaty laboratoryjne z biologii oraz chemii. Prowadzone są tam także zajęcia przygotowujące uczniów do Olimpiady Chemicznej.
Obserwatorium W budynku Gdańskich Szkół Autonomicznych mieści się unikatowe w skali kraju obserwatorium astronomiczne.